2株苯胺降解的分离鉴定及其降解特性研究

从处理印染废水的活性污泥中分离得到2株苯胺降解菌,从菌落、细胞形态、生理生化及16S rRNA基因扩增测序等方面对2株菌进行了鉴定,并比较分析2株菌在好氧与缺氧条件下的苯胺降解、偶氮染料脱色及苯胺脱氨氧化酶基因tdnQ和黄素还原酶基因(fre)的携带情况.结果表明,2株菌属于Pseudomonas属和Shewanella属,分别命名为Pseudomonas sp.AN30和Shewanella sp.DN425.AN30菌株在振荡好氧条件下72h内对250mg/L苯胺的降解率为96.1%,DN425菌株的降解率为13.8%;在静置缺氧条件下AN30菌株的苯胺降解率为39.6%,DN425菌株的降解率仅为8.6%.DN425菌株在静置缺氧条件下4h内可将初始浓度为50 mg/L的偶氮染料酸性大红彻底脱色,而AN30菌株对酸性大红不具有脱色能力.以总DNA为模板,分别用tdnQ基因和fre基因特异性引物进行扩增,2株菌均能扩增出大小分别为380bp和630bp左右的目标条带,显示2菌株均携带有苯胺脱氨氧化酶基因和黄素还原酶基因.     

转cry1Ab基因水稻中毒蛋白的表达、分泌及其在土壤中的残留

研究了转cry1Ab基因水稻(克螟稻)中Cry1Ab毒蛋白的表达、根系分泌及其在土壤中的残留规律.结果表明,分蘖始期至成熟期,克螟稻地上部和根部中的Cry1Ab毒蛋白的表达量(FW)分别为3.23～8.22 μg/g和0.68～0.89 μg/g.生育期间克螟稻根系分泌的Cry1Ab毒蛋白含量仅为1.66～48.02 ng/(株·d).试验证实,克螟稻根际土中的Cry1Ab毒蛋白残留含量低于检测限(<0.5ng/g 干燥土).生物测定还表明,克螟稻根际土及其提取液对棉铃虫初孵幼虫和3龄幼虫不产生致死性效应.相对于Cry1Ab毒蛋白的根系分泌转移,克螟稻秸秆还田对土壤环境的影响应引起重视.     

亚硝态氮胁迫下菲律宾蛤仔实时定量P CR内参基因的筛选

为了更好地从基因角度研究亚硝态氮对贝类的生态毒性,需要筛选一个合适的内参基因作为参考,对其毒性相关基因进行定量表达分析。本研究以菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)作为研究对象,以亚硝态氮胁迫的鳃组织cDNA作为模板,利用geNorm软件和NormFinder软件对6个候选内参基因进行表达稳定性分析,并对2个结果做了综合赋权分析。结果显示,geNorm分析的基因表达稳定性结果为ActinCyPAEF1αUbi18STubu,NormFinder软件分析的结果为ActinUbiCyPAEF1α18STubu,最后经加权赋值法综合分析获得6个候选基因的表达稳定性为ActinCyPAUbiEF1α18STubu,即Actin为表达最稳定的基因。因此,Actin可以作为衡量亚硝态氮胁迫后菲律宾蛤仔鳃组织中基因表达的内参基因。     

浮游动物DNA宏条形码标志基因比较研究

DNA宏条形码技术作为一种新型生物监测方法,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游动物DNA宏条形码监测仍在发展阶段,需要首先对其(采样方法、引物选择和数据分析等)进行标准化和调整,然后才能用于常规流域生态监测。其中,如何选择合适的PCR扩增引物是DNA宏条形码生物监测标准化的关键问题之一。本研究比较了COI、18SV9和16S通用引物在浮游动物DNA宏条形码监测中的差异,为初步建立规范化的浮游动物DNA宏条形码监测方法提供技术支撑。结果表明,16S引物对浮游动物具有更好的特异性,其产生的操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)有88.1%属于浮游动物。虽然18SV9引物具有更高的物种覆盖度,不仅能扩增出浮游动物,还能扩增出大量藻类和真菌,但其物种识别敏感性较差,不适合浮游动物物种水平多样性监测。COI引物的浮游动物物种特异性、物种覆盖度和物种识别敏感性都适中,检出的浮游动物物种数量高于18SV9引物和16S引物,更加适合浮游动物DNA宏条形码监测。     

Validation of Bacteroidales-based microbial source tracking markers for pig fecal pollution and their application in two rivers of North China

• Pig feces is the predominant excrement produced by animal husbandry in China. • The PF, Pig-1-Bac^TaqMan, and Pig-2-Bac^TaqMan MST assays showed better performance. • The pig-specific MST assays can contribute to managing the pig fecal pollution. In China, pig feces is the predominant source of excrement produced by animal husbandry. Improper use or direct discharge of pig feces can result in contamination of natural water systems. Microbial source tracking (MST) technology can identify the sources of fecal pollution in environmental water, and contribute to the management of pig fecal pollution by local environmental protection agencies. However, the accuracy of such assays can be context-dependent, and they have not been comprehensively evaluated under Chinese conditions. We aimed to compare the performance of five previously reported pig-specific MST assays (PF, Pig-Bac1^SYBR, Pig-Bac2^SYBR, Pig-1-Bac^TaqMan, and Pig-2-Bac^TaqMan, which are based on Bacteroidales 16S rRNA gene markers) and apply them in two rivers of North China. We collected a total of 173 fecal samples from pigs, cows, goats, chickens, humans, and horses across China. The PF assay optimized in this study showed outstanding qualitative performance and achieved 100% specificity and sensitivity. However, the two SYBR green qPCR assays (Pig-Bac1^SYBR and Pig-Bac2^SYBR) cross-reacted with most non-pig fecal samples. In contrast, both the Pig-1-Bac^TaqMan and Pig-2-Bac^TaqMan assays gave 100% specificity and sensitivity. Of these, the Pig-2-Bac^TaqMan assay showed higher reproducibility. Our results regarding the specificity of these pig-specific MST assays differ from those reported in Thailand, Japan, and America. Using the PF and Pig-2-Bac^TaqMan assays, a field test comparing the levels of pig fecal pollution in rivers near a pig farm before and after comprehensive environmental pollution governance indicated that pig fecal pollution was effectively controlled at this location.     

大肠杆菌磷酸果糖激酶基因在氧化硫硫杆菌Tt-7中的表达

专性自养极端嗜酸性氧化硫硫杆菌缺乏EMP、ED途径以及三羧酸循环的关键酶 (如磷酸果糖激酶等 ) ,不能氧化有机物获得能量 .本文利用PCR技术扩增E .coliK 12磷酸果糖激酶 1基因 (pfkA) ,将该基因与广泛寄主的IncQ质粒pJRD2 15连接构建重组质粒pSDK 1,该质粒可与pfk基因缺陷株E .coliDF10 10互补 .通过接合转移的方式将其导入氧化硫硫杆菌Tt 7中并得到表达 .pSDK 1在宿主Tt 7中有较好的稳定性 ,在无选择压力条件下连续传 5 0代仍可保留 75 % .酶活性测定表明 ,pSDK 1的pfkA基因在缺陷株E .coliDF10 10中表达水平〔(96 .6± 0 .6 6 )U/g蛋白〕略高于原始菌株E .coliK 12〔(85 .9± 1.12 )U/g蛋白〕 ;而在氧化硫硫杆菌中则以较低水平进行表达〔(12 .4± 0 .73)U/g蛋白〕 ,并且其表达水平不受培养基中葡萄糖的影响 .实验表明 ,在无机盐培养基中加入葡萄糖时 ,含质粒pSDK 1的氧化硫硫杆菌Tt 7可利用培养基中的葡萄糖而加快生长 ,而对照菌株的生长则未受明显影响 ;但是重组菌利用葡萄糖的速度较缓慢 .图 5表 2参 16     

辣椒倍半萜环化酶基因在几种非生物诱发因子作用下的表达

报道了在CuCl2,HgCl2及NaCl、紫外线等几种诱发因子作用下辣椒倍半萜环化酶活性表达，并利用从辣椒中克隆出来的2个倍半萜环化酶等位基因cDNA的特异性片段，研究这两个等位基因在上述诱发因子作用下的表达情况，结果表明：在CuCl2,HgCl2,NaCl2、紫外线诱发作用下，离体辣椒叶片均能表现一定的倍半萜环化酶活性，而CK中几乎检测不出倍半萜环化酶活性，Northern Blot分析表明，辣椒倍半萜环化酶基因在逆境下被诱转导，两个cDNA在不同的诱发因子在相同的逆境胁迫下的表达有一定的特异性，推测该基因家族的不同成员在辣椒适应不同逆境的防御反应中有一定的意义，图5参6。     

水稻精细胞差异表达基因RSG6的克隆和抗体制备

选用在水稻精细胞和二细胞花粉的差减文库中获得的在精细胞中表达量显著增强且可能代表新基因的EST之一 (BF4 75 2 0 7)为探针 ,筛选水稻精细胞cDNA文库 ,得到一全长为 1176bp的序列 ,其开放读码框编码 2 81个氨基酸 ,与已知蛋白质无明显同源性 ,属于一新发现的基因 ,GenBank登录号为AF4 4 2 4 90 .这是第 1次从高等植物精细胞中分离到的全长基因 .RT PCR结果证明该基因在根、叶、二细胞花粉、成熟花粉、授粉子房和精细胞中均有表达 ,但在精细胞中的表达量要高得多 ,是精细胞差异表达基因 .将此基因命名为RSG6 (ricespermgene6 ) .将RSG6的编码区克隆到表达载体pQE30上 ,构建重组质粒 .经IPTG诱导后 ,在E .coliM15 (pREP4 )中表达出了N端融合了 6×His的融合蛋白 .用纯化的融合蛋白免疫家兔 ,制得高效价、高特异性的抗体     

植物诱导抗病性的分子生物学研究进展

植物诱导抗病性是植物抵御病害侵袭的重要机制之一，作为一种经济有效的抗病策略，在农业可持续病害防治中具有广阔的应用前景，日益受到人们的关注．其中系统获得性抗性(SAR)作为植物诱导抗病性的一种重要形式，随着分子生物学实验手段的迅速发展及其在植物抗病机制研究中的应用，其分子机制研究方面已取得了不少进展．图1参58     

苏云金芽孢杆菌新基因cry1Ab17的克隆和生物信息学

利用高效克隆PCR产物的专用载体pMD18T,直接从苏云金芽孢杆菌WB9的PCR产物中克隆了cry1Ab17新基因.测序结果表明,该基因(GenBank登录号为AY646166)由3471个碱基组成,其编码的蛋白质含有1156个氨基酸残基,其中亲水性氨基酸占30.8%,疏水性氨基酸占45.2%,酸性氨基酸占12.9%,碱性氨基酸占11.1%.氨基酸序列的同源性分析结果表明,Cry1Ab17蛋白与已报道的Cry1Ab蛋白同源性为95.4%～99.7%,该蛋白的4个氨基酸残基———Pro170、Gly449、Gly796和Gly863与其它已报道Cry1Ab蛋白相应位置的氨基酸残基均不同.在核苷酸序列和氨基酸序列多重比较的基础上,应用PAUP4.0构建了Cry1A蛋白家族的系统发育树.SignalP分析结果显示,Cry1Ab17蛋白中不含信号肽序列.此外,对Cry1Ab17蛋白的二级结构和3个结构域也进行了预测和分析.图4表2参15